对于慧能的研究，有一类常常隐含在对禅宗的研究之中，这一类资料更是难以统计清楚。而在有明显标识的慧能研究作品中，研究内容包含两个方面，具体涉及的细节及不同观点如下：
一、《坛经》经典研究
1、《坛经》的整理。
慧能研究的基本资料是《坛经》。大陆学术界对《坛经》的学术整理，在1962年7月编就，1965年12月由中华书局出版的《中国哲学史教学资料汇编》（隋唐部分）下册的《禅宗》一节中以《关于惠能的事迹和思想》为题，依宗宝本，摘录了一些材料，并加标点注释，是一个不完全的整理本。1982年，中华书局编辑出版《中国佛教典籍选刊》，郭朋以日本铃木贞太郎、公田连太郎校订的敦煌本《坛经》为底本，参照惠昕本、契嵩本、宗宝本，作成《坛经校释》一书，1983年9月初版，到1997年10月已是第6次印刷，总印数达32,00册。1980年，中华书局编辑出版《中国佛教思想资料选遍》，其中第2卷第4册为禅宗卷。1983年6月第1版，收入了《坛经》的敦煌本和宗宝本，加以标点。杨曾文在1986初步完成对敦煌博物馆所藏《坛经》写本（敦博本）的研究，由上海古籍出版社1995年6月出版，名《敦煌新本六祖坛经》，在附录中也收入了日本大乘寺本《坛经》。江苏古籍出版社1993年6月出版的《中国佛教丛书·禅宗编》第1册中，收入《坛经》五种即：敦煌本斯五四七五号（影印并抄录）、敦博本０七七号（影印）、曹溪原本（据嘉兴藏影印）、日本兴圣寺藏宋本（影印）和宗宝本（据嘉兴藏影印）。1997年2月，周绍良在文物出版社出版《敦煌写本坛经原本》，“原本”之意，是为未经后人润色整理的，共收入五种，即：北京图书馆藏有字七九号卷子残页、北京图书馆藏冈字四八号卷子、伦敦大英图书馆藏斯五四七五号册子、敦煌博物馆藏０七七号册子及旅顺博物馆原藏已迷失册子首尾照片，全部影印，再依此录出“原本”，并加标点及简单的校记。教内外还出版了许多普及本及教内流通本。日本方面，以柳田圣山所编的《六祖坛经诸本集成》为著名，东京中文出版社1976年7月出版，共收入11种，即：敦煌本、兴圣寺本、金山天宁寺本、大乘寺本、高丽传本、明版南藏本、明版正统本、清代真朴重梓本、曹溪原本、流布本、金陵刻经处本，另外还收有西夏文断片、金泽文库本断片。英文文献方面，有学者专门研究了《坛经》的英译本，列出了1930年以来的11种版本的译本。
2、《坛经》的成立及流变
现存的《坛经》，有四个本子，即敦煌本、惠昕本、曹溪原本、宗宝本，以敦煌本（包括敦博本）最为接近古本，历史上流传的更多，反映出《坛经》本身的变化发展。胡适在1966年1月8日写成《<坛经>考之一》，指出《曹溪大师别传》和《坛经》之间的并列关系，契嵩三卷是将文字“鄙俚繁杂”的《坛经》的真正古本和《曹溪大师别传》的结合，而宗宝本则是在此基础上增改而成，明藏本以契嵩本为祖本。
印顺认为，《坛经》主体部分是无相戒，这在慧能生前就应该成立了，慧能入灭后，其平日接引的机缘、临终前后情形，由弟子记录出来，附编于大梵寺说法后，也泛称《坛经》，完成了《坛经》的原型，现存的本子以敦煌最古，但不是原型。他对胡适、宇井伯寿、关口真大、柳田圣山的观点都加以分析，认为“《坛经》的各种本子，从大类上去分别，可统摄为四种本子：敦煌本、古本、惠昕本、至元本。”敦煌本为神会门下的修正本，古本则“一定是”将《曹溪大师别传》的传说，编入《坛经》而成，无疑是属于洪州门下的，成立的年代，要比敦煌本（780—800）、《别传》（781）、《宝林传》（801）迟些。惠昕本编定的时间，考定为宋乾德五年（967），政和六年（1116）再刊，传入日本，被称为“大乘寺本”，绍兴二十三年（1153）刊本传入日本，被称为“兴圣寺本”，两者在品目及本文上虽有多少修改，都是惠昕的编本。至元本，有两个相近的本子，即德异本和宗宝本，“组织上最为一致。”
杜继文、魏道儒认为，《坛经》是经过多个禅宗宗派增删修订，逐步演化而成的，说它是集体产品，比推测它只有一个原本要全面。
郭朋在其《坛经校释》的序言中，考察分析了胡适、印顺观点及一些日本学者特别是石井修道的观点，认为胡适用“明藏本”的提法尤为不妥，《曹溪大师别传》也不能和《坛经》并列，因为它不是《坛经》的一个本子。他对印顺的观点持赞同的态度，对石井修道的观点有具体介绍和评论，认为他列出的《坛经》流变图中涉及的14种《坛经》，最根本的不外乎敦煌本（法海本）、惠昕本、契嵩本和宗宝本，其余的都不过是这4种本子的翻刻和传抄而已。
杨曾文在其《敦煌新本六祖坛经》中对《坛经》的流变有详尽的叙述，以《坛经》（不存）祖本为源头，衍生出敦煌原本（不存）和惠昕原本（所谓文繁古本，不存）。从敦煌原本衍生出敦煌本、敦博本、西夏文本三个本子；从惠昕原本衍生出惠昕本和契嵩本。日本的天宁寺本、大乘寺本、兴圣寺本等，均在惠昕本的传刻本上形成，契嵩本下，又衍生出曹溪原本、德异本和宗宝本，此三种本子又有各自的传刻本，明代以后的各种藏经本，包括日本的一些藏经本，都以宗宝本为基础。
洪修平不同意杨曾文把敦煌本与惠昕本看作是《坛经》祖本后的两个并列系统的观点，主张两者“至少应该是交叉关系。”他所列的《坛经》诸本关系图表，以《坛经》原本（不存）为最早，衍生出“南方宗旨”本和文繁的古本（均不存），与此并列的是《曹溪大师别传》。敦煌本直接从南方宗旨本而来，惠昕本直接来自文繁的古本，并与敦煌本也有关系，契嵩本是文繁的古本和《曹溪大师别传》结合而成的，这和胡适的看法有相近之处。契嵩本衍生出德异本和曹溪原本，此两个本子又衍生出宗宝本，而宗宝本也与惠昕本有联系。
3、《坛经》的真伪
这一问题的起点是《坛经》是否为神会或神会门徒所作，首先由胡适提出。早在1929年胡适写的《荷泽大师神会传》中辟〈神会与六祖坛经〉一节，指出“《坛经》的主要部分是神会所作。”罗香林认为，《坛经》虽非慧能自作，然都来自慧能所说之法，否认胡适之说，并证明法海为《坛经》的笔受者。60年代，因钱穆的浅白文章《六祖坛经大义》，在台湾引起一些论争，杨鸿飞在《关于六祖坛经》一文中重申了胡适的观点，认为《坛经》“确实与神会有着不解之缘。”钱穆著文回应，言其早在1945年7月重庆版《东方杂志》第41卷14期上撰有《神会与坛经》，批评胡适的观点，1961年在香港又写未发的《读六祖坛经》一文，认为“《坛经》祖本由神会或神会之徒窜羼者，其份量很少，而由宗宝所窜羼者，份量更多。”《坛经》确实代表六祖思想，是由法海所编集。后又提出《坛经》中批评神会为“知解宗徒”的话，这实际上涉及到洪州门下修改《坛经》之事了，但他只疑是后人窜入，未明何类人。但杨鸿飞认为此处的知解，只是佛知见。澹思认为，钱氏持思想史的思路，杨氏则持考证的思路，他归纳了日本对此问题的研究和看法，认为日本方面不完全附和胡适的意见，其基本倾向是否定杨氏之说。印顺则认为对《坛经》的补充既有神会门下的，也有洪州门下的，对于前一个观点，他归结为两句话：《坛经》决非神会或神会门下所造；神会门下补充了一部分——坛经传宗。由此可以得出几种看法：《坛经》为慧能所述，法海所集；《坛经》为神会所作；神会或神会门徒未作《坛经》，只补充了《坛经》，洪州门下也有此补充。
大陆方面，基本的倾向是承认神会对《坛经》有改动之处，但具体说法稍有差异。汤永彤在其《隋唐佛教史稿》里没有具体讨论这一问题，只是沿用法海记集说，“相传门徒法海据其言行录为《坛经》。”石峻等人认为，《坛经》最早的本子，是慧能的弟子根据其讲法记录下来的，神会只不过是根据它而加以发挥而已，胡适关于《坛经》由神会一手创作的假设，恐怕不能成立。吕澂持神会门徒编纂说，“显然编纂于神会门徒之手。”不过是否就是依照神会的说法改动了《坛经》，还有待研究。葛兆光重申神会一系与《坛经》确有关系，印顺对此问题的看法最为公允平实。更多的学者是从《坛经》流变的角度来谈此问题的。
二、慧能的生平与思想
1、民族
有两种观点，一是瑶族说，二是仡佬族说，侯外庐等持慧能的母亲为瑶族说，而未言慧能自身的民族，张春波沿用此说。近年也有学者提出越族说。
2、獦獠义
一般指少数民族义，侯外庐专以“獠”字指少数民族，冯友兰笼统地以“指少数民族，”张春波认为是唐代统治阶级对我国南方少数民族的污蔑称呼，方立天则指明是当时对岭南土著的侮称，郭朋解释得较为详细，是“对携犬行猎为生的南方少数民族的侮称。”潘重规对此有专门研究，基本观点未出此义，又指出古籍中“獦”、“獵”的混用。
3、初到黄梅的时间
慧能的生卒年（638–713）历史资料并无异说，但对慧能初见弘忍的时间，《神会语录》记为22岁（显庆四年，659），法海的《六祖大师缘外记》持24岁（龙朔元年，661），还有其他一些说法。印顺假定为慧能22岁听《金刚经》而悟，24岁（龙朔元年，661）到黄梅，杜继文持“龙朔元年前后”说，潘桂明对24岁说提出了资料证据，杨曾文认为慧能33岁取道曹溪北上求学，37岁（咸亨五年，674）投黄梅。
4、传衣及南逃原因
传统的资料记载有弘忍付袈裟于慧能说，怕人陷害，而南逃。对此，研究者持两种相反的意见，印顺赞同此说，并提出证据，这也是慧能南逃的原因。杨曾文基本赞同传袈裟之事，主张弘忍在授法的同时把自己的袈裟相赠也是可能的，慧能回到南方，在说明自己受传于东山法门的同时，把袈裟亮出以示证明，也在情理之中。73胡适认为传衣说是神会的捏造，杜继文赞同胡适说，慧能在黄梅，属于逃丁，是官府搜捡的对象，所以，南逃的原因不是担心因法衣而受陷害，而是为了“逃避官府”的搜检。75张春波认为这是“最不可信的。”一是《高僧传》等资料不提此事，二是神会没有能在争法统这个最需要的时刻把法衣拿出来。潘桂明觉得，对传衣问题“我们至今不敢断然下结论。”
5、隐遁时间
慧能在南方陷遁的时间，历史资料中多有异说，有三年、五年、十五年、十六年、十七年等不同记载。杨曾文认为三年比较妥当，印顺持“五年法难”说，郭朋和张春波持十六年说。
6、不识字
资料中对慧能不识字的描写是一致的，这反映慧能受学校教育的程度很低，对此学术界基本承认这一点，并作有分析，饶宗颐以他去慧能家乡新兴的感受，认为慧能不应是目不识丁的，国恩寺是慧能舍其宅而建，慧能又是一个地方官司的后代。国恩寺的情况说明慧能是有产业的，虽然其父早死，但绝非沦落至无以为生，慧能幼时母亲犹在，庐氏作为北方著姓，“因而慧能肯定有相当的文化素养，否则如不识字，何以能听懂《金刚经》《涅槃经》，这是不可想象的。”印顺对这一点早有解释，慧能不会写字，不会读经，一个流落异乡的孤苦的孩子，没有读过书，原是常事，之所以听经能悟，有人觉得这难以相信，看来他对这些经都相当明了，从倾佛法的角度说，慧能是利根。石峻等人认为，说慧能是一个文盲，这不一定可靠，“但可以肯定他的文化水平是不高的。”郭朋认为这另有含义，“一个连字都不识的人，却能大讲‘佛法’，这不正好表明人的‘来历不凡吗？”
7．拒绝应召
除了承认的看法之外，还有部分承认说，慎重说。杨曾文认为，《历代法宝记》记载的武则天两次遣使请慧能之事，从历史情节考察，第一次难以成立，第二次则应在通天二年，杜继文、魏道儒对此问题也没有下明确的断语，只认为“这是个悬案。”
8、研究慧能思想的资料依据
对此问题的观点是发展的，胡适的意思，《坛经》不能代表慧能的思想，因为此经“皆本实于荷泽。”言下之意，研究慧能，不能依此《坛经》。吕澂在此说基础上，适当修证，认为“研究慧能的思想并不能以《坛经》作为唯一的根据。”还应当依据王维的《碑铭》，楼宇烈认为，除了敦煌本《坛经》，《曹溪大师别传》也是重要的研究慧能的思想资料。潘桂明对此加以综合，应以敦煌本《坛经》为基本线索，结合《碑铭》、《别传》等资料来研究慧能。
9、思想主旨
学术界对此研究的基本倾向是一致的，在具体表述上有些各自的特点。比如，钱穆认为《坛经》的主要思想有二：佛之自性化，佛之世间化。又可总括为两句：人性与人事。“他教人明白本性，却不教人屏弃一切事。”杨鸿飞认为，不外乎“顿悟、见性、无念、定慧等这几种。”印顺用两句话概括，一是可以见性成佛，二是无相为体，无住为本，无念为宗。汤永彤认为慧能之学要在顿悟见性，一念悟时，众生是佛，从自心中顿见真如本性。吕澂认为，《坛经》的中心思想，是单刀直入的顿教，杜继文认为，诸种《坛经》均无变化的“无念为宗、无相为体、无住为本”是慧能禅宗的根本理论和实践，同时《坛经》还有道德化倾向。杨曾文说包括从无相戒、顿悟法门、无念为宗、不二法门诸方面，邢东风以心性观和修行方法论表述慧能的基本思想，洪修平用以空融有、空有相摄概括慧能禅学的特点，以即心即佛、自在解脱，识心见性、顿悟成佛概括其基本思想内容。
10、创立禅宗或南宗
长期以来，慧能是禅宗的创立者，之观点占主流，于中又有两种不同看法，一是专门强调慧能的创宗地位，一是也强调神会的作用。随着对禅宗研究的深入，学术界又提出慧能只是南宗创立者的观点，而禅宗的成立是一个发展的过程。任继愈主张，“我们把惠能当作中国禅宗的真正创始人。”石峻、方立天等也持此论，方立天提出依据说，慧能以前的禅学“还够不上严格意义的宗派。”胡适由于对神会的研究而得出神会是“新禅学的建立者”的观点，引起学界重视，所以有以张春波为代表的观点，否认胡适对神会在此问题上的抬高，承认禅宗的创立是慧能和神会“共同努力的结果。”印顺持禅宗的创立是一个过程，是为“过程说”，“基本上是一个过程，不一定是哪个人。”但对于慧能是南宗的创立者，这是没有疑问的，或者把禅宗就理解南宗。
11、得法偈
敦煌本《坛经》中记有两首慧能的得法偈，此偈在诸本《坛经》中又有不同的变化，特别是从两首而成为一首。研究者对此大致的持否认为慧能所作较多，否认慧能之偈为伪；或虽否认其为慧能所作，但承认反映了慧能的禅学思想；也有学者顺便指出神秀之偈也是伪。陈寅恪写有专文，指出此两首偈有比喻不当和意义不完备两大缺失，印顺承认近人对此怀疑者不少，主张是神会所作，胡适在1960年2月9日写有《所谓“六祖呈心偈”的演变》一文，从其口气看，是持否认态度的。杜继文、魏道儒认为这是《坛经》编纂者们的自我创作，但具体分析了其中所包含的慧能和神秀思想的不同特点，这在学术界是一种基本倾向。任继愈除了指出慧能之偈是伪，神秀之偈也是伪，而许多人看到诸本《坛经》中神秀偈都相同，就以为此偈是真的了。
12、哲学基本问题上的立场
大陆学术界把这一问题一直作为慧能研究的重要甚至是主要的内容，基本原则是从哲学的基本问题出发，分清慧能的世界观立场，并具体化为本体论和认识论的立场。基本倾向是唯心主义立场，具体看法有异，一是一般地指出其唯心主义立场，二是精确为主观唯心主义或是客观唯心主义，近十年来，有学者开始对这种“贴标签”作出超越的尝试或干脆不涉及此种讨论。侯外庐等主张慧能的世界观是唯心主义的，冯友兰则进一步具体化为客观唯心主义说，任继愈认为，慧能禅学的出现标志着在宗教信仰领域内从客观唯心主义向主观唯心主义的转变，而慧能本人通过主观唯心主义的认识论，建立宗教唯心主义世界观。方立天认为，慧能讲真如，这是客观唯心主义的色调，又讲自心，是主观唯心主义的，结论，“包含了从客观唯心主义出发转向主观唯心主义的思辨途径。”洪修平提出“新的唯心论”，即不是通常意义的主观唯心主义或客观唯心主义，而是“唯当下现实之心的新的唯心论。”但邢东风反对洪说，重申了慧能的主观唯心主义立场，并加以详尽的解释，又否认将慧能的心性论看作是一种形上的世界观，而只是一种修行方法论。夏甄陶只言慧能的认识论是一种“神秘主义的宗教认识论。”
13、突出心性论
近年来对慧能的思想研究，有突出心性论的趋势，心性论的具体内容和意义有三：第一，人或者人心是什么？这具有人性论意义；第二，万事万物的根本是什么？这具有宗教世界观的意义；第三，宗教修行实践的根据是什么？这具有宗教修行实践的方法论意义。心性论的特点，有一体二重化说，“慧能心性的起点，是将人的心性一体而二重化。”对心、性的讨论，有视心为“众生心”说，即众生现实的当下之心，邢东风认为，慧能的性指人的本性，心则有两层含义，一是众生的情识，二是本心或真心，是人的本质。
14、佛学革命
对于这一点，基本观点大致在佛性论、顿悟论、解脱论等方面，具体表述有不同的变化。赖永海概括为三点：“一是即心即佛的佛性说，二是顿悟见性的修行方法，三是不离世间自性自度的解脱论。”潘桂明也归纳为三点：一是在现实生活中追求解脱，二自在解脱的道家化倾向，三是对精神自由的重视。这是很具代表性的看法，至于各种具体的观点所体现的进一步的意义，学术界则有大量论述，比如平等的精神、主体性精神、世俗化的意识、宗教吸引力等等，不能一一具述。
15、慧能与中国文化
许多学者把慧能置于中国文化的背景上研究，这一讨论的展开，包括三个方面，一是讨论慧能对中国本土文化的反省，二是对中国佛教文化传统的反省，三是对于中国文化的影响。慧能对本土文化反省，最根本的是对中国小农经济的社会生活方式的适应，具体而言，又涉及到对儒学和道家等思想的吸收，赖永海持儒学化说，表现为把佛性心性化、儒学化，以及禅宗的入世化，也有学者提到慧能禅学的内证工夫与儒学的一致，洪修平认为慧能还融入了“老庄玄学的自然主义哲学与人生态度。”对中国佛教传统的反省，学界一方面特别重视慧能禅学和教下诸宗的不同，和神秀北宗的不同，以突出其革命性的部分，也注意到慧能对于佛教经典的重视，以及和一些佛教高僧之思想联系，和教门的关系。在述慧能和其相异的同时，有学者注意到慧能思想对禅教下唯识学的吸收，和北宗的比较，任继愈从敦煌资料的研究中提出新解，认为学术界长期以来以南北两宗相差如天地悬隔，“这恐怕是一种误解。”两者差别存在，但不是很大。慧能对于经典的关注，圣严有一个观点，慧能虽沿袭般若类经，但实际上是以如来藏观点，用般若的空慧，实证真如佛性，洪修平则归纳的空有相融。对于《楞伽经》，一般认为是北宗所依之经，但也有学者强调慧能的自性与此经的联系，“坛经中自性之观念源自楞伽经的‘佛语心为宗’的如來藏思想。”慧能和历史上的佛教高僧之间的思想联系，重点比较了慧能和竺道生的顿悟观点。慧能对中国文化之影响的研究，可以分为四个方面，一是对后世禅宗的影响，这一点讨论甚多，赖永海对祖师禅和分灯禅的比较分析很有代表性。二是对宋明理学的影响，特别是对陆王心学的影响，其中对陈献章的影响已有多篇专文，但总体而言，还缺乏全面深入的研究。三是对道教心性论的影响，这一点几乎是空白。四是对于文学艺术等方面的影响，涉及美学、诗歌、绘画等诸多方面，这也是研究的薄弱地方，已有零星涉及，缺乏系统研究。
16、更广泛的议题
这包括对慧能和马丁·路德的比较研究，《坛经》与现象学的比较研究，对《坛经》的特定语言现象的研究，慧能与岭南地方文化关系研究，具体时代及地域存在的慧能崇拜研究，伦理角度的研究，西夏文《坛经》残页研究，从人文精神角度的研究，等等，显示出更为广阔的思想视野。
