或许是由于南宋的黎靖德所编《朱子语类》以及明代的胡广等所编《性理大全》以“理气”卷开头阐述朱子理学，或许是在用西方哲学阐述朱子理学时，为了确定朱子的哲学派别归属，不少学者在阐述朱子理学时，把“理”作为出发点，从“理”（所谓“理本论”）出发，进而阐述心性论、格致论、理欲论等问题。然而，朱子曾于淳熙初年（1175年前后）的《答江德功》中指出：
格物之说，程子论之详矣。而其所谓“格，至也，格物而至于物，则物理尽”者，意句俱到，不可移易。熹之谬说，实本其意，然亦非苟同之也。盖自十五、六时，知读是书（《大学》），而不晓格物之义，往来于心，余三十年。近岁就实用功处求之，而参以他经传记，内外本末，反复证验，乃知此说之的当，恐未易以一朝卒然立说破也。夫“天生烝民，有物有则”，物者，形也；则者，理也。形者，所谓形而下者也；理者，所谓形而上者也。人之生也，固不能无是物矣，而不明其物之理，则无以顺性命之正，而处事物之当，故必即是物以求之。知求其理矣，而不至夫物之极，则物之理有未穷，而吾之知亦未尽，故必至其极而后已。此所谓“格物而至于物，则物理尽”者也。物理皆尽，则吾之知识廓然贯通，无有蔽碍，而意无不诚、心无不正矣。此《大学》本经之意，而程子之说然也。
朱子的这段重要论述透露出三个方面的信息：其一，至淳熙初年，朱子已经花费了三十年的心力研究《大学》的“格物致知”，可见，这一时期朱子学术研究的主题之一在于“格物致知”；其二，朱子继承二程的思想，主要在于其格物之说；其三，虽然朱子讲本体论上的“物之理”，但实际上是为了讲“明其物之理”。由此可见，朱子传二程之道，主要传的是二程的格物致知之论。本文仅通过分析朱子格致论与其他诸如理气论、心性论、理欲论等问题的相互关系，以确立朱子的格致论在其理学体系中的核心地位。
一、格致论与理气论
理气问题是北宋张载与二程所讨论的重要问题之一。张载说：“太虚者，气之体。气有阴阳，屈伸相感之无穷，故神之应也无穷；其散无数，故神之应也无数。虽无穷，其实湛然；虽无数，其实一而已。阴阳之气，散则万殊，人莫知其一也；合则混然，人不见其殊也。形聚为物，形溃反原。”把太虚之气看作是万物的本原。二程则指出：“立清虚一大为万物之源，恐未安。”这里所谓“清虚一大”，就是指张载的太虚之气。二程又说：“‘形而上者谓之道，形而下者谓之器。’若如或者以清虚一大为天道，则乃以器言，而非道也。”重要的是，张载与二程还从本体论意义上分别对“气”和“理”作了深入的探讨。
朱子讨论过理气关系问题。据陈来的《朱子哲学研究》考辨，淳熙十六年《大学章句》与《大学或问》完成之前，朱子在与人讨论太极问题时已经论及理气关系问题，并曾经指出：“太极之义，正谓理之极致耳。有是理即有是物，无先后次序之可言，故曰：‘易有太极。’则是太极乃在阴阳之中而非在阴阳之外也。”明显持理气无先后的观点。后来，朱子在《大学或问》中说：“天道流行，发育万物，其所以为造化者，阴阳五行而已。而所谓阴阳五行者，又必有是理而后有是气。及其生物，则又必因是气之聚而后有是形。”这表明此时朱子已经有了理在气先的思想。在以后的一段时间里，朱子还讨论过理气先后问题。比如，他说：
所谓理与气，此决是二物，但在物上看，则二物浑沦不可分开各在一处，然不害二物之各为一物也。若在理上看，则虽未有物而已有物之理，然亦但有其理而已，未尝实有是物也。大凡看此等处，须认得分明，又兼始终，方是不错。只看太极图，熹所解第一段便见意思矣。
天地之间有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生必禀此理然后有性，必禀此气然后有形。
从这些论述可以看出，朱子讨论理气关系问题，与探讨太极问题以及人物之性问题有着密切的联系，而且所着重讨论的是理与气的相互关系，而不是从本体论意义上探讨理或气的本身。朱子晚年则又认为，理与气在本源上并无先后，甚至还认为，理气的先后在实际上是难以推究的。据《朱子语类》载：
或问：“必有是理，然后有是气，如何？”曰：“此本无先后之可言。然必欲推其所从来，则须说先有是理。然理又非别为一物，即存乎是气之中；无是气，则是理亦无挂搭处。”
或问“理在先，气在后”。曰：“理与气本无先后之可言。但推上去时，却如理在先，气在后相似。”又问：“理在气中发见处如何？”曰：“如阴阳五行错综不失条绪，便是理。若气不结聚时，理亦无所附著。”
或问先有理后有气之说。曰：“不消如此说。而今知得他合下是先有理后有气邪？后有理先有气邪？皆不可得而推究。然以意度之，则疑此气是依傍这理行。及此气之聚，则理亦在焉。盖气则能凝结造作，理却无情意，无计度，无造作。只此气凝聚处，理便在其中。”
这实际上是要回避理气先后问题的讨论。由此可见，理气关系问题，这一在北宋张载与二程之间所讨论的重要问题，并不一定是朱子理学的核心问题。
从格致论的角度看，要“格物致知”，就必须以物之理的存在为逻辑前提。《大学章句》“格物致知”补传讲格物致知时，要以“天下之物莫不有理”为前提；《大学或问》要先讲“天道流行，造化发育，凡有声色貌象而盈于天地之间者，皆物也。既有是物，则其所以为是物者，莫不各有当然之则，而自不容己，是皆得于天之所赋，而非人之所能为也”；又说：“至于天下之物，则必各有所以然之故，与其所当然之则，所谓理也。”然后，再讨论格物致知。但是，前提只是进入正题的必要准备和条件，“格物致知”才是《大学章句》、《大学或问》的理论出发点。
由于“即物而穷其理”是以“天下之物莫不有理”为前提的，朱子要阐述格物致知，当然也就要探讨二程与张载所讨论的理气问题，既讲“理”，又讲“气”。由此可见，朱子讲理气，旨在阐述格物致知，并不在于建立一个本体论意义的理气结构。
在理气问题上，朱子除了讨论过理气的相互关系外，还讲“理一分殊”。“理一分殊”这一概念是程颐在回答杨时对张载《西铭》的疑问时首先提出来的。程颐说：“《西铭》明理一而分殊，墨氏则二本而无分。老幼及人，理一也；爱无差等，本二也。分殊之蔽，私胜而失仁；无分之罪，兼爱而无义。分立而推理一，以止私胜之流，仁之方也。无别而迷兼爱，至于无父之极，义之贼也。”朱子则说：
天地之间，理一而已。然乾道成男，坤道成女，二气交感，化生万物，则其大小之分，亲疏之等，至于十百千万而不能齐也。……《西铭》之作，意盖如此，程子以为“明理一而分殊”，可谓一言以蔽之矣。
在这里，朱子用周敦颐《太极图说》有关太极化生万物的思想诠释程颐的“理一分殊”。显然，朱子的“理一分殊”已经从程颐的伦理学诠释转向了具有本体论意义的诠释。朱子还在解周敦颐《通书》所谓“二气五行，化生万物。五殊二实，二本则一。是万为一，一实万分。万一各正，小大有定”时指出：
二气五行，天之所以赋受万物而生之者也。自其末以缘本，则五行之异，本二气之实，二气之实，又本一理之极。是合万物而言之，为一太极而已也。自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体。故万物之中，各有一太极，而小大之物，莫不各有一定之分也。
应当说，朱子从本体论上讲“理一分殊”，的确较二程有了一定的发展。
但是，朱子讲“理一分殊”，更多的是用以表述其格物致知思想。朱子说：
近而一身之中，远而八荒之外，微而一草一木之众，莫不各具此理。……然虽各自有一个理，又却同出于一个理尔。如排数器水相似：这盂也是这样水，那盂也是这样水，各各满足，不待求假于外。然打破放里，却也只是个水。此所以可推而无不通也。所以谓格得多后自能贯通者，只为是一理。
在这段论述中，朱子虽然先是具体阐述“理一分殊”思想，但是，其目的在于说明“格得多后自能贯通”。
在论述“理一分殊”时，朱子往往较为强调“分殊”，认为只有认识了“万殊”，才能把握“理一”。他说：
圣人未尝言理一，多只言分殊。盖能于分殊中事事物物，头头项项，理会得其当然，然后方知理本一贯。不知万殊各有一理，而徒言理一，不知理一在何处。圣人千言万语教人，学者终身从事，只是理会这个。要得事事物物，头头件件，各知其所当然，而得其所当然，只此便是理一矣。
万理虽只是一理，学者且要去万理中千头百绪都理会，四面凑合来，自见得是一理。不去理会那万理，只管去理会那一理，……只是空想象。
朱子认为，只有把所认识的万理“凑合”起来，才能把握“一理”。他还说：
这事自有这个道理，那事自有那个道理。各理会得透，则万事各成万个道理；四面凑合来，便只是一个浑沦道理。而今只先去理会那一，不去理会那贯，将尾作头，将头作尾，没理会了。
显然，在朱子看来，认识“万殊”在“头”，把握“一理”在“尾”。
因此，在朱子那里，“理一分殊”既有本体论意义，同时又具有明显的“格物致知”的意义，而且，朱子似乎更为重视后者，因为在朱子看来，本体论上讲“理一分殊”，即释氏所谓“一月普现一切水，一切水月一月摄”，“这是那释氏也窥见得这些道理”，并且“濂溪《通书》只是说这一事”。朱子还认为，所谓“万物各具一理，万理同出一原”只是一个“一般道理”，而他所要强调的是，把握“一理”应当从认识“万殊”入手。可见，在朱子那里，“理一分殊”不仅从伦理学上推广到本体论，而且更为重要的还在于从本体论推广到认识论；同时，只有从认识论上讲“理一分殊”，并强调“分殊”，才能通过格物，而达到“吾心之全体大用无不明”，真正落实“理一分殊”。
分析朱子的理气论可以看出，朱子在理气问题上，虽然讨论过理气的相互关系问题以及理一分殊问题，但是，这些问题的探讨，都是围绕着格物致知而展开的。从格物致知的角度论及理气关系问题、理一分殊问题，讲“理”是为了讲“穷理”，讲“理一分殊”是为了讲“格物致知”。而且，朱子在探讨理气关系问题时，并没有首尾一贯的观点，前后矛盾，时而讲理气无先后，时而讲理在气先，时而还回避理气先后问题；而在讨论“理一分殊”时，又明显较为强调“分殊”，重视“理一分殊”对于格物致知的意义。正因为如此，朱子实际上并没有更多地纯粹从本体论意义上深入探讨理或气的结构，或者说，朱子对于理气结构的阐述，更多的只是吸取二程与张载以及周敦颐、邵雍的思想，并以此作为格致论的前提。
二、格致论与心性论
在心性论上，朱子对二程、张载的思想多有汲取。他继承张载主“心统性情”之说。朱子说：“心之为物，实主于身，其体则有仁、义、礼、智之性，其用则有恻隐、羞恶、恭敬、是非之情。浑然在中，随感而应，各有攸主。”因此，他又明确指出：
性是理之总名，仁、义、礼、智皆性中一理之名。恻隐、羞恶、辞逊、是非是情之所发之名，此情之出于性而善者也。其端所发甚微，皆从此心出，故曰：“心统性情者也。”
性是未动，情是已动，心包得已动未动。盖心之未动则为性，已动则为情，所谓“心统性情”也。
朱子非常重视“心”，而且在他那里，“心”有“人心”与“道心”之异。他说：
心之虚灵知觉，一而已矣。而以为有人心、道心之异者，则以其或生于形气之私，或原于性命之正，而所以为知觉者不同，是以或危殆而不安，或微妙而难见耳。
形骸上起底见识，便是人心；义理上起底见识，便是道心。
道心是义理上发出来底，人心是人身上发出来底。
也就是说，“人心”是出于形气、身体的一面，“道心”是出于性命、义理的一面。在讲“心”的同时，朱子还讲“性”、“情”。在他那里，“性”有“天命之性”与“气质之性”之别。朱子说：“论天地之性，则专指理言；论气质之性，则以理与气杂而言之。”“情”有“未发”与“已发”之分。朱子认为，恻隐、羞恶、恭敬、是非之情，其未发则是性之本体，即仁、义、礼、智之性，“及其发而为用，则仁者为恻隐，义者为羞恶，礼者为恭敬，智者为是非，随事发见，各有苗脉，不相淆乱，所谓情也。”
需要指出的是，朱子讲心性，与讲格物致知联系在一起。朱子曾于乾道七年（1171年）作《尽心说》，又于淳熙元年（1174年）写成《观心说》，专门讨论心性问题。《尽心说》、《观心说》在解说《孟子》所谓“尽其心者，知其性也，知其性，则知天矣。存其心，养其性，所以事天也”时指出：
天者，理之自然而人之所由以生者也。性者，理之全体而人之所得以生者也。心则人之所以主于身而具是理者也。天大无外，而性禀其全，故人之本心，其体廓然，亦无限量。惟其梏于形器之私，滞于闻见之小，是以有所蔽而不尽。人能即事即物，穷究其理，至于一日会贯通彻而无所遗焉，则有以全其本心廓然之体，而吾之所以为性与天之所以为天者，皆不外乎此，而一以贯之矣。
若尽心云者，则格物穷理，廓然贯通，而有以极夫心之所具之理也；存心云者，则敬以直内，义以方外，……。故尽其心而可以知性知天，以其体之不蔽而有以究夫理之自然也；存心而可以养性事天，以其体之不失而有以顺夫理之自然也。
显然，《尽心说》、《观心说》讲心性，讨论“尽心知性”、“存心养性”，旨在导出格物致知。朱子于淳熙四年（1177年）写成的《孟子集注》在诠释《孟子》“尽心知性”时融合了《尽心说》、《观心说》的思想，指出：
心者，人之神明，所以具众理而应万事者也。性则心之所具之理，而天又理之所从以出者也。人有是心，莫非全体，然不穷理，则有所蔽而无以尽乎此心之量。故能极其心之全体而无不尽者，必其能穷夫理而无不知者也。既知其理，则其所从出，亦不外是矣。以《大学》之序言之，知性则物格之谓，尽心则知至之谓也。
《大学章句》在诠释“明明德”时，首先把“明德”界定为“人之所得乎天，而虚灵不昧，以具众理而应万事”的人之本心。朱子认为，要“明明德”，就必须修身、正心、诚意，而且首先要格物致知。《大学或问》也说：
方寸之间，虚灵洞彻，万理咸备。盖其所以异于禽兽者，正在于此；而其所以可为尧舜而能参天地以赞化育者，亦不外焉。是则所谓明德者也。然其通也，或不能无清浊之异；其正也，或不能无美恶之殊。故其所赋之质，清者智而浊者愚，美者贤而恶者不肖，又有不能同者。必其上智大贤之资，乃能全其本体，而无少不明；其有不及乎此，则其所谓明德者已不能无蔽而失其全矣。况乎又以气质有蔽之心，接乎事物无穷之变，则其目之欲色、耳之欲声、口之欲味、鼻之欲臭、四肢之欲安佚，所以害乎其德者，又岂可胜言也哉！……是以圣人施教，既已养之于小学之中，而复开之以大学之道。其必先之以格物致知之说者，所以使之即其所养之中，而因其所发，以启其明之之端也。
朱子认为，只有通过格物致知才可以复归于人的本心。由此可见，朱子讲格物致知，是基于对心性的研究。人的本心具备万理，是朱子讲格物致知的前提；人的本心由于为气禀所拘、人欲所蔽而要求“复其初”，使得格物致知成为必要。
因此，朱子讲心性，其目的在于引申出他的格致论。当然，在如何复归于人的本心上，朱子不仅讲穷理，而且还讲涵养，所谓“涵养、穷索，二者不可废一，如车两轮，如鸟两翼”，“学者工夫，唯在居敬、穷理二事”。同时，他还主张，尊德性与道问学不可偏废，所谓“君子之学，既能尊德性以全其大，便须道问学以尽其小”，“以尊德性为主，然于道问学亦不可不尽其力”。
朱子不仅通过讲心性引申出他的格致论，而且还在讲格物致知的过程中，进一步过渡到讲诚意、正心。《大学章句》在诠释“物格而后知至，知至而后意诚，意诚而后心正”时说：“物格者，物理之极处无不到也。知至者，吾心之所知无不尽也。知既尽，则意可得而实矣，意既实，则心可得而正矣。”《大学或问》也说：“知无不尽，则心之所发能一于理而无自欺矣。意不自欺，则心之本体物不能动而无不正矣。心得其正，则身之所处不至陷于所偏而无不修矣。”认为格物致知对于诚意、正心具有重要作用。同时，朱子又认为，格物致知还必须进至诚意、正心。朱子说：
经曰：“欲诚其意，先致其知。”又曰：“知至而后意诚。”盖心体之明有所未尽，则其所发必有不能实用其力，而苟焉以自欺者。然或己明而不谨乎此，则其所明又非己有，而无以为进德之基。
盖意诚则真无恶而实有善矣，所以能存是心以检其身。然或但知诚意，而不能密察此心之存否，则又无以直内而修身也。
在朱子看来，讲诚意、正心，当然又必须讲心性。比如，在论及正心时，《大学或问》说：
人之一心，湛然虚明，如鉴之空，如衡之平，以为一身之主者，固其真体之本然。而喜怒忧惧，随感而应，妍蚩俯仰，因物赋形者，亦其用之所不能无者也。故其未感之时，至虚至静，所谓鉴空衡平之体，虽鬼神有不得窥其际者，固无得失之可议；及其感物之际，而所应者，又皆中节，则其鉴空衡平之用，流行不滞，正大光明，是乃所以为天下之达道，亦何不得其正之法哉？
在这里，朱子讨论了“心”以及“情”的“未发”与“已发”。
由此可见，朱子对于心性论的阐发，旨在表述他的“明明德”的思想，从而引申出他的格致论，同时进一步作为由格物致知而推展的诚意、正心的基础。尤其需要指出的是，在心性论上，朱子更多的只是对于二程、张载以及前人各种思想的阐释，并以此作为既定的理论予以接受。因此，朱子的心性论，并不只是要对心性本身做出深入的探讨，进行理论建构，而是更注重于通过对心性与格物致知关系的分析，引申出以格物致知为出发点的修身论。
三、格致论与理欲论
“天理人欲”问题，在二程那里已经被提出来。二程说：“人心私欲，故危殆。道心天理，故精微。灭私欲则天理明矣。”朱子则说：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和’，‘尊德性’，‘道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》曰‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’，圣贤千言万语，只是教人明天理、灭人欲。”在朱子看来，“明天理、灭人欲”是儒学的精髓之所在。事实上，朱子在“明理灭欲”理论上的作为，更多的在于阐明如何实现“明理灭欲”。
在朱子那里，“人欲”，指的是“私欲”，与人的正当欲望并非同一概念。比如，他说：
饮食者，天理也；要求美味，人欲也。
若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无？
同是事，是者便是天理，非者便是人欲。如视听言动，人所同也。非礼勿视听言动，便是天理；非礼而视听言动，便是人欲。
可见，朱子所说的“人欲”是指那些超出了正当要求以及违反了社会规范的欲望。
因此，朱子并不一概反对人的欲望。他说：“如‘口之于味，目之于色，耳之于声，鼻之于臭，四肢之于安佚’，圣人与常人皆如此，是同行也。然圣人之情不溺于此，所以与常人异耳。”朱子反对的是沉溺于欲望之中。他甚至还说：“人欲也未便是不好。谓之危者，危险，欲堕未堕之间，若无道心以御之，则一向入于邪恶，又不止于危也。”认为人欲只要有“道心以御之”，就“未便是不好”。
同时，朱子也不是盲
