《孙子兵法》的书名可谓人尽皆知，但《孙子兵法》的思想体系因其极为复杂高深，如不从中国传统思想文化的根源上和现代科学理论的方法论上寻找解密钥匙，是十分难以理解和把握的。
《孙子兵法》的篇名实质上就是指易道中阴阳对立矛盾的两个方面：《计》（阴阳），《形》（阴阳），《势》（阴阳），《作战》（运作与战斗），《谋攻》（谋略与进攻），《虚实》（虚弱与充实），《军争》（军队与抗争），《九变》（极端与应变），《行军》（行政与军政），《地形》（地形与兵形），《九地》（战态与心态），《火攻》（顶点与与休止），《用间》（情报与间谍）。从结构上看，《孙子兵法》每篇的内部逻辑可相对分为前半部（阳谋）四小节（前四卦）和后半部（阴谋）四小节（后四卦），前后共八小节（八卦），这与《易经》中的的两仪、四象、八卦的空间结构惊人吻合。
《孙子兵法》共十三篇，分为上、中、下三卷，这个结构即反映出其理论体系的三个层面和包含的三种内容。第一个层次是基础理论，讲的是宏观的、原理的、认识论部分，反映被反映事物的结构、要素、功能；第二层次是应用理论，讲的是中观的、调控的、方法论部份，反映被反映事物的物质、能量、信息；第三层次是微观理论，讲的是微观的、作业的、技术部分，反映被反映事物联系、发展、过程。
第一层次的思想体系在军事上称为“战略学”，它是军事学术的最高组成部分和最高领域，包括国家和武装力量准备战争、计划与进行战争和战略性战役的理论与实践，研究战争目标、规律和基本运作原理，是探讨如何制定宏观计划、计策和实施战略控制的原理，涉及国家的政治、经济、资源、技术、战机等若干方面。《孙子兵法》的上卷包括了上述现代战略的学的全部内容，它以辩证思想把战略思想分为四个范畴和八个方面：一是战略策略范畴，由战略计划和战略手段构成；二是战略资本范畴，由动员部份和实战部份组成；三是战略运筹范畴，由智谋屈敌和以兵屈敌组成；四是战略形态范畴，由防守形态和进攻形态组成。因此，《孙子兵法》战略思想系统的总体框架为：计（阳）------计（阴）；作------战；谋------攻；形（阳）------形（阳）。《计》篇之战略决策与模式为：环境基础（乾）、能力基础（兑）、民意基础（离）、利益评估（震）、庙算原理（巽）、变术原理（坎）、讹形原理（艮）、诡道原理（坤），其中前四卦是阳计策，后四卦是阴计策；《作战》篇之战略组织模式：物质基础（乾）、能量基础（兑）、战略投入（离）、战争效益（震）、能力效益（巽）、时间效益（坎）、以敌克敌（艮）、以战养战（坤），其中前四卦是战争资本，后四卦是战争消耗；《谋攻》篇之战略指挥模式：全敌原则（乾）、伐敌原则（兑）、乘势原则（离）、人才因素（震）、知识因素（巽）、信息因素（坎）权力因素（艮）、取敌原则（坤），其中前四卦是智谋屈敌，后四卦是攻战取敌；《形》篇之战略控制模式：胜败控制（乾）、动静控制（兑）、死生控制（离）、盈利控制（震）、运用优势（巽）、建立优势（坎）、运筹计算（艮）、守道保法（坤），其中前四卦是形（阳）料敌，后四卦是形（阴）取敌。
第二层次的思想体系在军事上称为“战役学”，它是军事学术的组成部份，研究各种军种、军团准备与实施协同战役和独立战役的理论和实践，研究组织力量、运用力量、调整力量和控制力量，以及以最佳态势临战应战的一系列方法论。《孙子兵法》的中卷概括了上述现代战役的全部内容，它以辩证思想把战役思想分为五个范畴十个方面：一是战役势能范畴，由组织结构及其正奇变化组成；二是战役虚实范畴，由组织功能的涨落及其虚实变化组成；三是战役效能范畴，由组织整体控制和指令对行为控制组成；四是战役应变范畴，由组织所处的环境及其应变策略组成；五是战役控制范畴，由组织行政管理和专业管理组成。因此，《孙子兵法》的战役思想体系的总体框架为：势（正）------势（奇）；实------虚；军------争；九------变；行------军。《势》篇之组织势能协调模式：关系协调（乾）、正奇协调（兑）、运变协调（离）、速度协调（震）、场位激励（巽）、弱敌激励（坎）、组织激励（艮）、领导激励（坤），其中前四卦是势（阳）阵势，后四卦是势（阴）战事；《虚实》篇之组织功能协调模式：润耗协调（乾）、决战协调（兑）、形名协调（离）、数分协调（震）、制胜形态（巽）、形态变幻（坎）、指挥素质（艮）、兵员素质（坤），其中前四卦是虚实趋战，后四卦是虚实交战；《军争》篇之组织运动协调模式：军争原则（乾）、速度效应（兑）、探测活动（离）、行动模式（震）、舍敌指令（巽）、进攻指令（坎）、指令鲜明（艮）、指令功能（坤），其中前四卦是整体控制，后四卦是指令控制；《九变》篇之组织权变协调模式：危机意识（乾）、成本意识（兑）、利害评估（离）、危机效应（震）、性格控制（巽）、条件控制（坎）、变术效应（艮）、变术原理（坤），其中前四卦是处境应变，后四卦是对象应变；《行军》篇之组织常规协调模式：战略方位（乾）、战术方位（兑）、前卫布防（离）、侦察相敌（震）、教令培训（巽）、亲兵赏罚（坎）、智将要素（艮）、精兵要素（坤），其中前四卦是军政管理，后四卦是军训管理。
第三层的思想体系在军事上称为“战术学”，它是军事学术的组成部份，包括各军、兵种和专业兵团、部队、舰队和分队准备与实施的理论和实践，是作战实施阶段，面对具体的作业环境和对象，面对具体的发展阶段和战斗士气，面对如何利用火力把战争推向顶峰，面对如何利用信息来调节行动并控制敌人的技术。《孙子兵法》的下卷概括了上述现代战术的全部内容，它以辩证思想把战术思想分为四个范畴八个方面：一是战术决策范畴，由地形地势和战斗组织形势构成；二是战力控制范畴，由战斗发展阶段性和战士心理发展阶段性构成；三是火力控制范畴，由自然能构成的摧毁性武器的利用和适度时机控制战斗保全战功两方面构成；四是信息控制范畴，由信息情报的价值系统和信息资源的间谍系统组成。因此，《孙子兵法》的战术思想体系的总体框架为：地------形；九------地；火------攻；用------间。《地形》篇之组织微观决策模式：环境机会（乾）、环境觉察（兑）、能力资源（离）、能力觉察（震）、运筹要素（巽）、人际关系（坎）责任意识（艮）、环境意识（坤），其中前四卦是决策条件，后四卦是决策技术；《九地》篇之组织微观用兵模式：战争阶段（乾）、操作梯度（兑）、防御心理（离）、战术目标（震）、领导艺术（巽）、群体动力（坎）、进攻心理（艮）、以战养战（坤），其中前四卦是防御阶段，后四卦是进攻阶段；《火攻》篇之战争顶点控制模式：目标选择（乾）、火器操作（兑）、火器控制（离）、火器性能（震）、战略原则（巽）、理性原则（坎）、利益原则（艮）、战争限度（坤），其中前四卦是火器使用，后四卦是停战机会；《用间》篇之组织情报系统模式：情报价值（乾）、情报资源（兑）、情报组织（离）、间谍分类（震）、决策基础（巽）、情报网络（坎）、情报定向（艮）、间谍控制（坤），其中前四卦是情报价值，后四卦是间谍控制。
《孙子兵法》思想体系的总体结构模式为：
阳-------趋战阶段，设计阶段------上卷战略原理（计、作战、谋攻、形），中卷协调方法（势、虚实、军争、九变、行军）
阴------效战阶段，情报活动------下卷操作技术（形地、九地、火攻），间谍情报系统（用间）
值得注意的是，我们在理解和把握《孙子兵法》的思想体系时，一定要分清层次，分清范畴，分清哪一层讲的是哪一些的问题，切忌乱抓乱用。由于《孙子兵法》每篇的前半部（前四卦）属于阳谋，而后半部（后四卦）属于阴谋，阴谋比阳谋更为隐闭、凶险、毒辣，因此更应引起高度重视。
总而言之，《孙子兵法》的制胜思想体系由上述战略、战役、战术三个层次形成道、法、术完整有机的整体。其系统性、辩证性、规范性和精确性，是迄今为止世上各种军事理论著作无与纶比的。
