阴阳学说是中国古代先哲思维活动中最富哲学味道的理论构想，著名的科学史家李约瑟称此为“古代中国人能够构想的最终原理” 。几乎所有研究古代文化思想、哲学、科学史的学者都承认，阴阳学说对于中国传统医学的发展具有极为重要的促进作用，并在古代医学领域中获得了充分的运用与一定的发展。然而先秦以“阴阳”之名立身的“阴阳家学”与医学理论中之“阴阳学说”是否一致呢？以下所述，可谓对此的略说。其要在于，阴阳家学渗入医学后，使得医学理论出现了一个由秉承阴阳家学之主旨——以阴阳消息、循环言说顺逆常变，到强调阴阳对立、平衡的转变。所谓阴阳学说自身的发展与进步，也恰是在这个过程中逐步实现的。
一、阴阳家及其学说旨要
阴阳与五行、气等学说相互结合，构成了中国古代的哲学思想体系，这些观念也是中国传统科学思想的基本要素。有关这些观念的起源、发展及具体运用，历来就是研究中国古代哲学史、思想史、科学史者所关注的焦点。阴阳与五行，在早期各自为说，因而在研究早期文化思想时必须分而论之。就对医学发展的影响而言，阴阳学说要早于五行说。在先秦遗存的医学史料中，几乎看不到五行学说的深刻影响，而阴阳之说在解释疾病生成、人体生理等方面则已得到某种程度的运用。
以“阴阳”为说，起源甚早 [2] 。汉人总结先秦学术之源流，称其为“阴阳家”：
阴阳家者流，盖出于羲和之官，敬顺昊天，历象日月星辰，敬授民时，此其所长也。及拘者为之，则牵于禁忌，泥于小数，舍人事而任鬼神。 [3]
二、医学中阴阳循环、对立的不同表现
“四时之序”类比于政事，形成了《礼记·月令》中所规定的种种相关制度，这是阴阳家学的典型表现。四时之序紊乱，则必发疾疫，“月令”类著作中多有记述，如：
孟春之月：行秋令，则其民大疫；
季夏之月：行春令，国多风咳；
仲冬之月：行春令，民多疥疠；等等。
在今本《黄帝内经》中，对于顺应“四时之序”的重要性，有许多详细的说明：
夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳、秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也。逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。（《素问·四气调神大论》）
春者，天气始开，地气始泄，冻解冰释，水行经通，故人气在脉。夏者，经满气溢，入孙络受血，皮肤充实。长夏者，经络皆盛，内溢肌中。秋者，天气始收，腠理闭塞，皮肤引急。冬者盖藏，血气在中，内着骨髓，通于五脏。是故邪气者，常随四时之气血而入客也，至其变化，不可为度。（《素问·四时刺逆从论》）
受四时之序、阴阳轮转观念的影响，在针刺疗法、诊脉之法中形成了“四时脉法”和以“四时”为理论依据的针刺方法。如果对于早期的阴阳家学没有一定的了解，则颇难理解这些诊断、治疗方法的立意。例如后世的脉学理论将“浮脉”（取之有余，按之不足）作为病在“表”的征象，而在今本《黄帝内经》中却是作为春季的正常脉象；后世的针灸学根据疾病的症状决定深刺或浅刺，而在当时却主张依季节而定等等 [7] 。后世的中医学基本扬弃了这类内容，仅仅在养生学方面继承了春生、夏长、秋收、冬藏的思想。
至于阴阳家学“使人拘而多畏”，“牵于禁忌，泥于小数”之弊，当然在医学领域中也有所体现，例如：
正月、二月，天气始方，地气始发，人气在肝；三月、四月，天气正方，地气定发，人气在脾；五月、六月，天气盛，地气高，人气在头；七月、八月，阴气始杀，人气在肺；九月、十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心；十一月、十二月，冰复，地气合，人气在肾。
相应地，在针刺方法上自然就会有所规定：
春夏秋冬，各有所刺，法其所在。春刺夏分，脉乱气微，入淫骨髓，病不能愈，令人不嗜食，又且少气；春刺秋分，筋挛逆气，环为咳嗽，病不愈，令人时惊，又且哭；春刺冬分，邪气著藏，令人胀，病不愈，又且欲言语。（《素问·诊要经终论》）
阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。……阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏。阳化气，阴成形。寒极生热，热极生寒。寒气生浊，热气生清。
水为阴，火为阳。阳为气，阴为味。……味厚者为阴，薄为阴之阳；气厚者为阳，薄为阳之阴。……气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴。（《素问·阴阳应象大论》）
这样的阴阳学说，其重点已然不再是循环的观念，而是二者的对立属性；其中的两分之法亦不再是特指“四时之序”（时间概念），而是将这种“以量定性”的方法移植到了与药物理论有关的“气”、“味”学说中。总之， 阴阳既是最高度的抽象与概括，又以“数之可十，推之可百”以致用，因而成为医学基础理论中最重要的组成部分。
三、医学中的特例：三阴三阳
阴阳之说在古代医学领域中有一种特殊的表现形式，即三分阴阳而成太阴、少阴、厥阴和太阳、少阳、阳明。这六个名词在医学中是极为重要的概念术语：经脉学说的主体即是以此为名——手、足各有三阴、三阳之脉，合为“十二正经”；《素问·热论》在论述外感热病时，亦是以此为名——外感病的进程被划分为太阳、少阳、阳明（在表），太阴、少阴、厥阴（在里）六个阶段。东汉的重要医学著作《伤寒杂病论》即以此为纲，发挥而成，故后人称此为“六经辨证”体系。
三分阴阳，较二分阴阳而成太、少，多出“阳明”与“厥阴”两个名称。而这种分法在中国传统文化的其他领域中基本上是看不到的。所以大约早在汉代就已经有人开始对这一问题予以探讨，《素问·阴阳离合论》开篇的设问即是：“今三阴三阳，不应阴阳，其故何也？”回答则是：“阴阳者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”似乎不属明确的对答，其后则是有关十二经脉的解说。赵洪钧在其自刊本《内经时代》 [9] 中对以上问题的回答是：“岐伯的答话不讲经脉分布处皆是搪塞，直讲经脉则答非所问。张景岳之医理可谓精深，岂知他也不能正面回答这一问题。《类经·会通类》‘阴阳五行’中抄下这段话，没作任何说明。接着照抄大量经文，毫无心得。《类经附翼·医易义》大讲《易》理，仍说不清三阴三阳。看来回答这个问题实在不容易。”而赵氏认为：“比较可靠的原始三阴三阳说，就是三男三女说。”即《易》传《说卦》中所言：
乾，天也，故称呼父。坤，地也，故称呼母。震一索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。坎再索而得男，故谓之中男。离再索而得女，故谓之中女。艮三索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。
的日人丹波元简论“三阴三阳”时说：
太少阴阳，原是四时之称。……而后世说《易》者，专用此论蓍策之数矣。以阳明、厥阴，合称三阴三阳者，医家之言也。（《医sheng》卷上）
正因“三阴三阳”为医家之言，故历来研究阴阳学说的哲学家、史学家极少谈到这一问题。即或是在传统医学领域内部，亦大多是只能言“三阴三阳”之用，却避而不谈其缘由。
