据传，其初画山水，与王石谷交谊甚厚，自以为不能超过王石谷，便曰：“是道让兄独步矣，恪妄耻为天下第二手。”于是舍山水而专攻花卉，其实从他现存的《山水轴》等作品看，其山水画，笔墨洒脱秀逸也堪称大家手笔。但是其最拿手的还是花卉，其画作用笔爽利而含蓄，设色洁净而秀润，题字清丽，诗句超逸，时称“三绝”，名盛一时。
恽寿平的花卉画，以五代（公元907—960年）时徐崇嗣的没骨法为宗。其作画时以写生为基础，必对真花极力摹写，力求得其活色生香。他力主“惟能极似，才能与花传神”。其善于用色渲染，点染并用，创造出一种明丽淡雅，如笼薄纱，似沐雨露，赏心悦目的境界，让人心醉。现存于故宫博物院的荷花图轴《出水芙蓉》，观之似有“脸腻香熏似有情，世间何物比轻盈”，“绰约藕花初过雨，出浴杨妃娇无语”之感，是其具有代表性的作品之一。
在恽寿平的影响下，常州画派被奉为“写生（花鸟）画派”，与“娄东画派”，“虞山画派”并列，成为清代最有影响的画派之一。
在恽寿平被奉为写生（花鸟）画派的同时，王石谷（王）的绘画也“名惊爆海内”，成为清代“四王”中最有影响的大画家。恽寿平的《牡丹图》和王石谷的《桃花渔艇图》，是康熙十一年（公元1673年），两人同游江苏宜兴时合作的册页之中的两帧。在恽寿平画的《牡丹图》上有王石谷的一段长题，从题字中可以看出王石谷对其绘画成就的肯定和推崇。
