山水画里的南北分宗论是明清时期绘画理论中的重要思想之一，它深刻地影响了画家的创作活动，及其对绘画本身的理解和对中国山水画史的把握，甚至波及了书法、诗词等相关艺术门类的理论建构。
南北宗论的提出者与最有力的推动者之一是晚明着名画家、美术鉴赏家和理论家董其昌（1555～1636年）。关于南北分宗的言语曾一再见于他的题跋、画论与着述里，其中比较详细并常被引用的是下面一段：
“禅家有南北二宗，唐时始分。画之南北二宗，亦唐时分也；但其人非南北耳。北宗则李思训父子着色山水，流传而为宋之赵干、赵伯驹、伯骕，以至马（远）、夏（圭）辈。南宗则王摩诘（维）始用渲淡，一变钩斫之法。其传为张璪、荆（浩）、关（仝）、董（源）、巨（然）、郭忠恕（熙）、米家父子（米芾和米友仁），以至元之四大家（黄公望、王蒙、倪瓒、吴镇）。亦如六祖之后，有马驹（马祖道一）、云门、临济儿孙之盛，而北宗微矣。要之，摩诘所谓：‘云峰石迹，迥出天机；笔意纵横，参乎造化’者。东坡赞吴道子、王维壁画，亦云：‘吾于维也无间然！’知言哉。”
其大意是用当时在文人士大夫群体中流行的心禅之学，以禅宗的南北分宗譬喻山水画的流派分野，将山水画的发展史截然分为两派。分派的关捩在唐代，并各追任了一位祖师，排出了传承的谱系。如同禅宗以“顿悟”与“渐悟”的修持观念分南北一样，山水画的分派依据的是风格技法方面的“渲淡”与“钩斫” 的不同。历史上，禅宗的北宗在与南宗的竞争中败下阵来，逐渐势微，在董其昌看来，山水画的北宗也经历了类似的过程，而他所推崇的则是南宗。
南北宗论首先在一个以董其昌为核心的小圈子里获得认同，比如他的友人莫是龙与陈继儒的着作里都有内容相同或相近的话。不过，由于董其昌的地位特殊，在东南地区隐隐然是艺坛领袖，附骥者众多，这一论断的发明权最终被归于他一人名下，而南北宗论的命运也与对董氏其人的评价紧密地联系在了一起。在晚明乃至整个清代，南北宗论打着董其昌的标签，逐渐成为一种后人认识山水画发展的权威理论，进而演变为描述画史的常识以及评判作品的套语。赞同、引用或沿着同一思路深化南北宗论的画家和理论家很多，而力图调和南北，或者表示怀疑的说法却显得很微弱，反而更衬托出这一理论的影响力之大。但是，从20世纪30年代开始，在“五四”重估传统文化价值的思潮推动下，董其昌和他的南北宗论都受到了前所未有的尖锐的批判。徐悲鸿就曾经严厉地说过， “吾尤恨董断送中国画二百余年，罪大恶极”，而滕固、童书业、启功、俞剑华等学者通过详备的考证后都指出南北宗论立论的“软肋”：用禅宗的历史来比附山水画的发展极为牵强；虽然董其昌强调“其人非南北”，但“南”、“北”还是容易令人误解为画家的籍贯；王维的地位被人为地抬高了；“渲淡”与“钩斫”的概念含混，用来区分流派显得过于简单生硬；等等。这些批评普遍倾向于把南北宗论看作是一种历史理论，而作为历史理论，它又是极端粗疏的，根本“不合于历史事实”，“是伪造历史，是非科学的”（俞剑华语）。
此后，南北宗论基本上被当作一种对山水画史的错误描述而遭到否定。不过，这样一个错漏百出的历史论调又怎么可能笼罩画坛数百年，并且在实际上规范了画家的创作呢？这恐怕不能简单地归结于董其昌的个人影响力。近年来，已经有学者指出，要把南北宗看作对两种美学倾向与风格特征的概括，而非历史总结。进一步说，南北宗论有其特定的历史背景，是针对当时山水画发展所面临的困境而发出的声音，带有现实的批评意识，为山水画的发展指出了路径，因此才获得了广泛的认可与传播。
明代中前期，由于得到统治者的扶持，宋代的画院制度在某种程度上得以复兴，供职于宫廷的画家的绘画风格被时人所推重，其代表是浙江地区的戴进（1388～1462年）、吴伟（1459～1508年）和他们的追随者所形成的一个松散的画派——“浙派”。在苏州则涌现出诸如沈周（1427～1509年）这样杰出的文人画家，他发展了历史上强调个人文化修养的业余绘画观念，成为所谓“吴派”的开创者。大约到了16世纪初期，浙派已经迅速衰落，那种工谨富丽而带有装饰性的风格退化为种种呆板的程式与陈陈相因的暮气，有些画家比如张路、蒋嵩等人，企图通过极端的狂、怪造型和夸张的颤动线条，为这种匮乏注入一些生机，但虚张声势的豪放和空洞无物的矫情，与戴、吴相比，优劣自现。另一方面，随着一度主宰画坛的文征明（1470～1559 年）的去世，业余的文人画家们笔下的文人画逐渐沦为某种“墨戏”。他们缺少笔墨与造型的训练，而只把注意力集中于难以琢磨的诗意上，其弊病日显，以至于李日华批评说：“今天下画习日谬，率多荒秽空疏，怪幻恍惚，乃至作树无复行次，写石不分背面，动以无格自掩，曰：我存逸气耳。相师成风，不复可挽。”当董其昌在画坛获得影响的时候，他所面对的正是这样一个流派纷呈却混乱不堪的局面：院体画刻板僵化，匠气十足；浙派末流粗陋虚矫，装腔作势；而文人们以余兴作画，虽然在观念上强调意境，但力不从心，导致伪“逸品”泛滥，流毒已深——山水画发展至此，似乎进入了死胡同。董其昌当然对现状不满，于是提出了南北宗的理论。
董其昌的南北宗论表面上看起来并没有直陈时弊，恰恰相反它是以梳理画史的面貌出现的，似乎与现实无关。但董其昌的目的在于树立理想的典范，从而引导人们去学习与欣赏真正高妙的山水画传统，最终摆脱眼前的困境。他在另一段常被提及的话里还说过：“文人之画，自王右丞始。其后董源、巨然、李成、范宽为嫡子，李龙眠、王晋卿、米南宫（芾）及虎儿（米友仁）皆从董、巨得来，直至元四大家黄子久、王叔明、倪元镇、吴仲圭，皆其正传。我朝文（征明）、沈（周），则又远接衣钵。若马、夏及李唐、刘松年，又是大李将军之派，非吾曹所宜学也。”这段话中尽管没有直接出现“南北宗”的字眼，但一望即知，所谓的 “文人之画”正是他所认定的南宗，而“非吾曹所宜学”的画家都是北宗。所以，董其昌是以南北宗论倡导有选择地复古，也就是通过临摹效仿他所限定的画家，以达到纯粹的文人画的境界。其实，对于文人画家来说，文人画的理想并不新鲜，但董其昌统一了人们对文人画经典的认识，同时进一步强调了全面修养的重要性： “昔人评赵大年（令穰）画谓得胸中着千卷书更佳。不行万里路，不读万卷书，看不得杜诗，画道亦尔。马远、夏圭辈不及元四大家，观王叔明、倪云林‘姑苏怀古诗’可知矣。” 批判了那些“目不识一字，不见一古人真迹，而辙师心独创，惟涂抹一山一水，一草一木，即悬之市中，以易斗米”的人。
董其昌主观构建的一个山水画家传承体系，是应对当时画坛状况的有感而发，并非单纯的理论建构。从实际效果来看，南北宗论虽然并不严密，但却理清了众多茫然无措者的思路，很好地启发了此后山水画的发展，实现了对现实困境的超越，造就了一个数百年稳定的局面。
可是说，把南北宗论作为历史学说，实在是一个误会，它只是董其昌为解答当时画坛创作与评论上存在的多方面问题而提出的一种理论，带有批评性与鲜明的时代特点。从这一点出发，也许有助于我们更好地把握晚明绘画史的走向，并且保持一个历史主义的“理解之同情”的态度吧。
